Böbrek nakli yapılamayan hasta sayısı çok azdır. Aktif iltihabı olan hastalara böbrek nakli yapılamaz. Bu durumdaki hastaların tedavileri yapıldıktan sonra böbrek nakli gerçekleştirilir.
Tümörü olan hastaların, tümörleri tedavi edildikten sonra tümörün cinsine belli bir süre bekledikten sonra nakil işlemi gerçekleşir. Tümörün başka organlara sıçradığı tespit edilen hastalarda, böbrek nakli yapılamaz.
Kan grubu uyumu olmayan hastalarda, nakil edilen böbreği kaybetme riski çok yüksek olmasından dolayı şu an genellikle tavsiye edilmez.
Alıcı ile vericinin kanlarının karıştırılmasıyla yapılan testin pozitif çıkması durumunda da böbrek nakli yapılamaz.
İleri yaş, böbrek nakli için göreceli bir engel durumdur. Hastanın genel durumu, organların durumu ve biyolojik yaşı birlikte değerlendirilir. Yaş durumu böbrek nakli için tek başına bir engel olarak düşünülmez.
Son dönem böbrek yetmezliğinin sebepleri diyabet ve hipertansiyondur. Diyabet hastalığı(şeker hastalığı) böbrek nakli olması gerekli olan bir gruptur. Tip I diyabet hastaları için, uygun kadavra bulunabilirse böbrek+pankreas naklide önemli bir şans olur. Şeker hastalığı vücudu çok yıprattığından buna böbrek yetmezliği ve diyaliz tedavisi de eklendiğinde hasta daha çok yıpranma yaşayacaktır. Bu nedenle diyabet hastalarına böbrek nakli olma şansının verilmesi çok gereklidir. Tip I diyabet hastalarında böbrek ve pankreasın aynı anda nakil edilmesi ile tek bir ameliyat sonunda diyaliz ve insülin tedavisinden kurtulmak mümkün olabilir. Hepatit B ve Hepatit C hastalarının, ileri karaciğer hastalıkları olmazsa böbrek nakli olabilirler.
Hepatit B ve Hepatit C virüsü karaciğerde hasara yol açarlar. Böbrek nakli sonrasında bağışıklık sistemini baskı altında tutan ilaçlar nedeni ile vücut hepatit virüsüne karşı olumsuz etkilenebilir. Bu nedenle fazla miktarda kanda virüs bulunan ve karaciğeri ciddi şekilde hasar görmüş hastalara böbrek nakli yapılamaz. Ancak hepatit B ve hepatit C virüsü olan ve karaciğerinde ciddi hasar olmayan hastalarda böbrek nakli, diyaliz tedavinde kalmaya göre daha sağlıklı ve rahat bir hayat sağlayabilir.
Canlıdan böbrek nakli işleminde doku uyumu olmadan nakil yapılmaktadır. Canlı böbrek naklinde doku uyumu olmadan Amerika ve Avrupa’da yıllardır uygulanan bir işlemdir.