Kadavradan böbrek nakli ameliyatında, beyin ölümü gerçekleşmiş olan vericiden böbrek çıkartılır ve 4 derece altında soğuk ortamda nakil yapılacağı kişi için bekler. Kadavradan böbrek nâkilinde zamana karşı yarış yapılır. Böbreği bekletmeden nakil ameliyatını yapmak lazımdır. Bundan dolayı böbrek nakli ameliyatı gece yarısı, gün ortası olsun, uygun olan ilk fırsatta gerçekleştirmek gereklidir. Bekleme süresi 24 saati aşarsa böbreğin hemen çalışmaya başlamaması sorunu ortaya çıkabilir. Böbrek naklinin yapılması esnasında, nakledilecek kişi ameliyat için hazırlanırken böbrek özel paketten çıkartılır ve damarların dikilebileceği şekilde hazırlanır. Daha sonra ameliyat gerçekleştirilir.
Canlıdan böbrek nakli ameliyatında, hasta ve vericisi planlanan ameliyat gününden bir gün önce hastaneye yatırılır. Son defa tetkikler yapılır. Ameliyat öncesi anestezi doktoru alıcı ve vericiyi değerlendirir. Gerekli olursa hazırlık aşamasında daha önceden hastayı değerlendirmiş olan kalp ve göğüs hastalıkları gibi diğer uzman hekimler ile ameliyat öncesi bir daha değerlendirme yapılır. Gerekli ise alıcının son diyaliz tedavisi yapılır.
Alıcı ve verici ameliyat için odalarında beklerken onlara bir anestezi ilacı verilir. Bu sayede ameliyathaneye giderken daha rahat olmalarını sağlar. Ameliyata ilk olarak verici alınır. Yaklaşık bir saat sonra alıcı ameliyata alınır. Ameliyathaneye alınan çifte ilk olarak anestezi ilaçları verilerek uyumaları sağlanır. Bu şekilde ameliyat esnasında olanlardan hiçbir şey hissetmezler. Hem verici hem de alıcı için ameliyat süresi yaklaşık iki saat kadardır. Ancak ameliyat öncesi hazırlık süreci ve ameliyat sonrası anestezi ilaçlarının etkisinin geçmesi için beklenen süre 4-5 saati bulmaktadır.
Böbrek nakli ameliyatı süresi, teknik olarak zor olan sağ böbreğin çıkarılması, böbrek çevresindeki yağdokusunun sert olması, birden çok arteri olması, böbrek verenin birçok dal vermesi gibi durumlara göre değişir. Böbrek vericisinde ameliyat sırasında damarlarda kanama olması, akciğerlere hava kaçması, kamera altında gerçekleştirme güçlüğüne bağlı olarak büyük kesi yapılarak açık operasyon yapılması gibi olumsuzluklar olabilir.
Böbrek nakli ameliyatı sonrası, ilk 12 saat en zor geçen dönemdir. Böbrek vericisi 2-3 gün sonra taburcu olabilir. Böbrek nakli yapılan kişi ise 6 gün sonra taburcu olur.