Böbrek naklinden sonra hastaların büyük çoğunluğunda iyileşme derecesi çok yüksek, büyük çoğunlukla da genel durumları çok iyidir. Fakat böbrek nakline bağlı olarak çok sayıda komplikasyon ortaya çıkmaktadır. Bunlardan bazısı şiddetli belirtiler ile kısa süreli olarak ortaya çıkar ve uygun tedavi şekli ile düzeltilebilir. Bazıları ise aylarca ve yıllarca nakledilmiş olan böbrekle birlikte yaşama eğilimi gösterir. Böbrek naklinden sonra enfeksiyon, en fazla önemsenmesi gereken bir sorundur.
Komplikasyonların çoğu bağışıklık sistemini baskılayan ilaçlar kullanılması sebebi ile olduğu düşünülürse de hastanın diyalizde olduğu dönemde karşılaşılan ve nakil olduktan sonra da şiddetlenerek sürebilen komplikasyonlar vardır.
Çok ağır komplikasyonlar oldukça sınırlı bir sayıda hastalarda ortaya çıkar; geri kalanlar da ise ya hiç görünmez, ya da fazla ağır olmaz. Böbrek naklinin sorunlu olduğu en çok yaşlılar ve uzun süre sıkıntılı diyaliz dönemi geçirmiş olanlardır. Diğer grup hastalarda komplikasyonlar ortaya çıksa bile çoğunlukla daha hafif olur.
Ağır komplikasyonlara çok az rastlanır. Geri kalanlar uygun tedavi yöntemleri ile kolay bir şekilde kontrol altına alınır ya da hasta için çok önemli sorun yaratmaz.
Hastanın yaşamı açısından en önemli komplikasyon enfeksiyondur. Böbrek naklinden sonra enfeksiyon, hastalar için başlıca ölüm sebeplerinden biridir. Nakilden hemen sonra idrarda bakteri ve ameliyat yarası enfeksiyonları çok sık görülür. Sonraki aşamalarda ise deride mantar veya bakteri enfeksiyonları görülür. Bu sıkıntılar kolay bir şekilde kontrol altına alınır.
Her hangi bir aşama da ortaya çıkabilen bronş ve akciğer enfeksiyonları mantar, virüs, bakteri ve protozoa gibi çok çeşitli etkenlere bağlı olmaktadır. Böbrek naklinden sonra enfeksiyon bazı zamanlarda da hafif ateş ve öksürük ile ortaya çıkar ve sinsice gelişerek, akciğerlere ilişkin herhangi bir bulgu vermeyen bu tür enfeksiyonlar birkaç saat içinde akut solunum yetmezliğine yol açarlar.
Böbrek naklinden sonra enfeksiyon ortaya çıktığında, hem nakil yapan, hem de nakil öncesinde ve sonrasında hastanın bakım ve tedavisini yapan doktorların bu enfeksiyon gelişmesini dikkatli bir şekilde izlemeleri gereklidir. İlk aşama da bir göğüs filmi çekilerek iltihap sürecinin başlangıcı görülebilir. dolayısı ile enfeksiyon odağının görülemediği iki günden fazla süren her ateş yükselmesinde bu incelemenin mutlaka yapılması yerinde olur.