Böbrek nakli, hastanın daha önceki geçirdiği operasyonlarda sorun olmadığı takdirde ve hastanın kilo durumuna göre ameliyat ortalama 1.5 saat sürmektedir. Böbrek nakli ameliyatının tarihçesine baktığımızda ilk ameliyatlar 6-8 saat arası sürmekteydi.
Kadavradan böbrek nakli gerçekleşen ameliyatlarda böbrek beyin ölümü gerçekleşmiş olan vericiden alınmakta ve 4 derece soğuklukta altında alıcı için bekletilmektedir. Böbrek nakli ameliyatında zaman son derece önemlidir. Nakil en kısa sürede gerçekleştirilmelidir. Böbrek için bekleme süresi 24 saatin üzerine çıktığı her dakika böbreğin çalışmama riskini arttırmaktadır. Nakil gerçekleşecek hasta ameliyat için hazırlandığında böbrek ilgili kutudan çıkartılır ve damarlar dikilecek şekilde hazırlanır.
Canlı üzerinden gerçekleşen böbrek nakil ameliyatlarında alıcıdan böbrek alınır. Kadavra üzerinden yapılan ameliyat gibi hızlı işlemlerle değil planlı bir şekilde ameliyat gerçekleştirilmesi planlanır. Vericinin ameliyatı tamamlanırken alıcı ameliyata alınır. Verici ameliyatı yapılırken böbrek çıkarılma aşamasında iken alıcı da gerekli işlemler için hazırlanır. Böbrek, alıcıdan alındığı zaman nakil işlemi için kansız kalacağından dolayı bu işlem olabildiğince kısa tutulması gerekmektedir.
Canlı ya da kadavra olsun vericiden alınan böbrek ameliyat sahasında bulundurularak alıcı için damarlarının her iki kısmına klemp yardımıyla kan akımı kesilir. Böbrek üzerindeki damarların çaplarına uygun olarak damarların duvarlarına göre delik açılması sağlanır. Böbreğin öncelikle toplardamar kısmının ucu ile vericinin üzerindeki göre dikilir. Daha sonra böbrek atar damarının uç kısmının alıcının ilak damarında bulunan deliğe uygun biçimde dikilir. Bazen böbreğin atardamarları daha fazla sayıda bulunabilmektedir. Eğer durum bu şekilde ise tüm damarların ayrıca tek tek ilak damara uygun şekilde dikilmesi lazımdır. Bu işlem bitirildiğinde kan akımını kesen klempler açılır ve böbrek dolaşımının gerçekleştirilmesi sağlanır. Böbreğin ilk dolaşım görüntüsü ve dakikalar sonra idrar işleminin gerçekleşmesi böbrek nakil işleminin başarıyla gerçekleştirildiğini göstermektedir. Daha sonra hastanenin mesanesi ortaya konulmaktadır. Uzun süre aralıkta idrarını yapamayan hastalarda mesane küçülmüş ve duvarının boyutu kalınlaşmış olabilir. Böbreğinin idrar yolundaki uç kısmı mesane üzerindeki açılan dileğe uygun olacak şekilde birleştirilir. Yapılan tüm bu işlemlerin bitirilmesi böbreğin durumu ve hasta uygun halde ise ortalama olarak 1.5 saatte bitirilmektedir.